Annoter vos données d’expression

On avril 20, 2010, in Outils, by admin

Vous avez quelques difficultés pour (re-)annoter vos données d’expression (genes, protéines) ? Vous souhaitez mettre en correspondance et comparer les sondes issues de différentes plateformes et/ou comparer différentes espèces?

Voici une référence qui peut vous être utile:

Chen R, Li L, Butte AJ. AILUN: reannotating gene expression data automatically. Nat Methods. 2007 Nov;4(11):879.[PMID17971777]

Et le lien direct vers l’outil web (qui offre des fonctionnalités de webservice) :

http://ailun.stanford.edu/

Merci à Frédéric pour cette référence!

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Bonjour à tous,

Merci pour votre active participation à Gen2Bio 2010!

Pour celles et ceux qui n’ont pas pu se joindre à nous, voici la présentation. Si vous souhaitez plus de détails sur le projet et  les actions que nous mettons en place, n’hésitez pas à nous contacter ou à venir à notre prochaine réunion scientifique, le 8 avril prochain à Nantes.

A bientôt,

L’équipe de coordination

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Echanger vos références!

On mars 23, 2010, in Outils, by admin

Bonjour à tous,

Vous souhaitez découvrir de nouveaux outils logiciels (bases de données, webservices…),  de nouvelles méthodes (bio-informatiques, mathématiques…) pour faciliter l’intégration de vos données?

Echangez, partagez vos références ! Vous découvrirez sans doute de nouveaux outils et par la même occasion vous ferez certainement découvrir aux autres les outils (logiciels, articles…) que vous aimez et utilisez régulièrement.

Pour une meilleure  lisibilité,  nous vous invitons à vous exprimer sous l’item Outils de la page Projet. C’est à dire ici ! Vous y trouverez d’ailleurs déjà quelques références.

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Bonjour à tous,

Conforme à notre agenda, notre prochaine journée scientifique aura lieu le 8 Avril prochain à l’IRTUN de Nantes (amphithéâtre Denis Escande).

L’inscription est gratuite mais obligatoire pour des raisons logistiques (date limite : 1 avril 2010). Un formulaire d’inscription est disponible sur le site de notre partenaire GenOuest.

A bientôt

L’équipe de coordination du projet Génomique intégrative.

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Programme

9h30 accueil des participants

10h-12h30 Définition d’un identifiant commun inter-plateforme et problématique des génomes mal ou non-annotés

10h-10h50 Table Ronde sur la définition d’un référentiel commun pour identifier les objets biologiques entre les plateformes, animée par Rémi Houlgatte et Charles Pineau.

10h50-12h30 Exposés sur les problématiques de l’intégration des données

  • Dominique Tessier, INRA, Nantes
  • Laurence Hibrand Saint-Oyant , INRA, Angers
  • Alexis Dufresne, CAREN, Rennes
  • Daniel Baron, INSERM, Nantes

12h30-14h30 Buffet déjeunatoire

14h30-17h Outils pour la génomique intégrative, problématiques et applications

14:30-15:00 AMEN: Frédéric Chalmel (INSERM Rennes)

15:00:15:30  Isa.infrastructure: Nolwenn Le Meur (Biogenouest)

pause café (15 min)

Exemples d’applications

15:45-16:10 Solenne Carat (INSERM NANTES)

16:10-16:35 Olivier Roux  et Loïc Paulevé (IRCCyn NANTES).

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