Surveiller la bibliographie

On octobre 13, 2010, in Outils, by admin

Nous vous proposons un flux RSS pour que vous soyez informés des derniers articles référencés dans Pubmed sur les thèmes de l’intégration des données *omics, la biologie intégrative et la biologie des systèmes. Les informations affichées dans le menu latéral correspondent à la requête suivante dans Pubmed:

(integrative *omics OR systems biology OR integrative biology) AND (bioinformatics OR computational biology)

Sachez que vous pouvez vous-même configurer un système d’alertes par e-mail pour connaître les dernières publications sur vos thèmes fétiches :) Il vous suffit de  créer votre requête puis de cliquer sur le lien « save search » (en haut de la page près du menu déroulant listant les bases de données du NCBI). Ceci vous amènera sur la page MyNCBI pour que vous puissiez créer votre compte (si ce n’est pas déjà fait). Vous pourrez ensuite gérer vos différentes requêtes sauvegardées ainsi la fréquence des alertes  e-mail.

Enfin, n’oubliez pas non plus les numéros spéciaux de Nucleic Acids Research  Web Server Issue et Database Issue

Tagged with:
 

Les méthodes de visualisation sont des outils devenus essentiels pour l’exploration, l’analyse et l’interprétation des données omics. Mais quelles méthodes, quels outils sont disponibles? Voici une revue qui peut vous être utile:

Gehlenborg N, et al. Visualization of omics data for systems biology. Nat Methods Supp. 2010 Mar;7(30):556.[PMID20195258]

Cette revue fait un inventaire des outils les plus couramment utilisés pour l’analyse des données de transcriptomique, d’interactions protéiques et de métabolomique. Si vous avez l’expérience de l’un ou l’autre de ces outils, n’hésitez pas à nous la faire partager :)

Merci à Nathalie pour cette référence!

Tagged with:
 

Stages courts en bioinformatique

On juillet 26, 2010, in Formation, by admin

Pour information, le Service de Formation Continue de l’Université de Rennes I, en partenariat avec la plateforme bioinformatique Genouest, propose des stages courts en bioinformatique (ex langages de programmation, approches de modélisation …).

Les offres de formations pour l’année 2010-2011 sont désormais disponibles [stagescourts-infobio_2010]. N’hésitez à contacter le Service de Formation Continue pour plus d’informations ou pour vous inscrire.

Tagged with:
 

Comment intégrer les mesures *omics?

On juin 24, 2010, in Outils, Référence, by admin

Comment intégrer, numériquement, les mesures *omics?  Quelles méthodes mathématiques, statistiques? Quels outils informatiques?

Voici  3 références pour préparer la session Biostatistiques de notre prochaine journée scientifique.

Varambally S et al. Integrative genomic and proteomic analysis of prostate cancer reveals signatures of metastatic progression. Cancer Cell. 2005 Nov;8(5):393-406.  [PMID: 16286247]

Hwang D et al. A data integration methodology for systems biology. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Nov 29;102(48):17296-301. [PMID: 16301537]

Et l’article associé

Hwang D et al. A data integration methodology for systems biology: experimental verification. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Nov 29;102(48):17302-7. [PMID: 16301536]

Bonne lecture!

Tagged with:
 

Like OBO?

On juin 14, 2010, in Outils, by admin

Pour mieux préparer notre prochaine journée scientifique, qui je vous le rappelle aura lieu le 28 juin prochain à l’IRT-UN de Nantes, je vous invite à visiter le site OBO foundry.

En effet la matinée de cette journée sera consacrée aux problématiques des ontologies, méta-données et autres annotations. Le site OBO foundry est un répertoire des projets qui développent des ontologies dans les domaines de la biologie et du biomédical.

Beaucoup d’entre vous connaissent l’initiative GO (Gene Ontology) mais connaissiez vous PATO (Phenotypic Quality) ou SO (Sequence Ontology project)?

  • Qu’en pensez-vous?
  • Est-ce utile?

A bientôt

Tagged with: