Mercredi 22 septembre 2010, nous aurons le plaisir de recevoir Alain Zasadzinski, de l’INIST, pour un présentation du projet SIDR. Ce projet a pour objectif de constituer un centre de ressources de dimension internationale qui permettra la diffusion, la valorisation et le partage de ressources, y compris de données quantitatives en biologie intégrative.

Dans un précédent  message nous avions déjà évoqué ce projet SIDR comme un projet pertinent dans notre mission de mise en place d’une infrastructure commune pour les données multi-technologies (mission qui bénéficie du soutien de le plateforme bio-informatique GenOuest) . Si comme nous vous souhaitez en savoir plus, n’hésitez pas à me contacter pour connaître le lieu et l’horaire de cette réunion.

Nolwenn Le Meur

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L’une des missions du projet Génomique Intégrative est de rendre nos plateformes  interopérables.  Dans ce but, nous réfléchissons à une structuration commune des données (comme isa.infrastructure ou SIDR), facilitant ainsi le partage et l’accès aux (méta-) données des expériences multi-technologies.

Mais nous ne sommes pas les seuls à réfléchir dans ce sens.

Depuis quelques années, notammement avec l’avènement des technologies à haut débit, nous avons vu (voire participé) au développer des standards et recommandations pour la diffusion des données   (ex.  « checklists » pour le minimum des informations à renseigner pour une expérience donnée sur http://mibbi.org/). Toutefois bien que nécessaires, ces nombreuses démarches ont souvent été réalisées en parallèle, de manière indépendante et focalisées sur une technologie. Aujourd’hui, pour un meilleur partage et une intégration des données il faut coordonner et structurer ces efforts.  C’est l’idée du projet BioSharing (Megascience: ‘omics data sharing. Science. 2009 Oct; 326(5950): 234 [html]).

Le site web du projet http://www.biosharing.org/ contient les informations relatives au développement des réglementations et standards pour le partage des données issues  des différents domaines de la biologie et en particulier pour les données *omics.

Je vous invite à suivre l’initiative de près.

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Like OBO?

On juin 14, 2010, in Outils, by admin

Pour mieux préparer notre prochaine journée scientifique, qui je vous le rappelle aura lieu le 28 juin prochain à l’IRT-UN de Nantes, je vous invite à visiter le site OBO foundry.

En effet la matinée de cette journée sera consacrée aux problématiques des ontologies, méta-données et autres annotations. Le site OBO foundry est un répertoire des projets qui développent des ontologies dans les domaines de la biologie et du biomédical.

Beaucoup d’entre vous connaissent l’initiative GO (Gene Ontology) mais connaissiez vous PATO (Phenotypic Quality) ou SO (Sequence Ontology project)?

  • Qu’en pensez-vous?
  • Est-ce utile?

A bientôt

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Annoter vos données d’expression

On avril 20, 2010, in Outils, by admin

Vous avez quelques difficultés pour (re-)annoter vos données d’expression (genes, protéines) ? Vous souhaitez mettre en correspondance et comparer les sondes issues de différentes plateformes et/ou comparer différentes espèces?

Voici une référence qui peut vous être utile:

Chen R, Li L, Butte AJ. AILUN: reannotating gene expression data automatically. Nat Methods. 2007 Nov;4(11):879.[PMID17971777]

Et le lien direct vers l’outil web (qui offre des fonctionnalités de webservice) :

http://ailun.stanford.edu/

Merci à Frédéric pour cette référence!

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Bonjour à tous,

Merci pour votre active participation à Gen2Bio 2010!

Pour celles et ceux qui n’ont pas pu se joindre à nous, voici la présentation. Si vous souhaitez plus de détails sur le projet et  les actions que nous mettons en place, n’hésitez pas à nous contacter ou à venir à notre prochaine réunion scientifique, le 8 avril prochain à Nantes.

A bientôt,

L’équipe de coordination

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