Science Webinar : biologie intégrative

On octobre 6, 2010, in Séminaire, by admin

Connaissez-vous les Webinars de Science ? Non? C’est l’occasion en voici un Mardi prochain (le 12) à 17h (heure de Paris) sur la biologie intégrative et ses enjeux !

Pour suivre ce séminaire en ligne et poser vos questions aux experts qui y participent rien de plus simple il faut s’enregistrer à l’adresse suivante: www.sciencemag.org/webinar

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En résumé:

Date: Tuesday, October 12, 2010
Time: 12:00 noon ET; 9:00 a.m. PT; 4:00 p.m. GMT
Duration: 1 hour
Register now and submit your questions LIVE to the experts during the webinar!
For more information and complimentary registration visit:www.sciencemag.org/webinar

Webinar Description

Starting with Genomics, the so-called “Omics Revolution” has resulted in the creation (or renaming) of a broad range of research areas, including proteomics, metabolomics, interferomics, and glycomics. Discoveries and advancements in these diverse arenas have often remained confined within each respective field, a situation that benefits neither the researchers nor the broader public. The integration of multiple -omics is not only desirable, but could be argued to be necessary for the progress of discovery. This webinar aims to feed the process of integration by allowing three experts to present their experience with the marrying of various -omics, providing an engaging discussion of the challenges, successes, and best practices.

During the webinar, panelists will:
• Describe how a variety of different -omics fields might work in concert to advance research goals
• Give practical examples of their experience with the integration of different -omic disciplines
• Provide insight into the future of the Omics Revolution
• Answer viewers’ questions live!

Register at:
www.sciencemag.org/webinar
Produced by the Science/AAAS Business Office and sponsored by Agilent Technologies.

 

Le jeudi 21 octobre 2010 à l’Institut de Recherche en Communications et Cybernétique de Nantes (IRRCyNplan d’accès), le projet fédérateur Biogenouest de Biologie Intégrative et le groupe de Bioinformatique Ligérienne (BIL) organisent une journée thématique « Biologie Intégrative ».

A cette occasion nous aurons le plaisir d’accueillir des experts français et européens sur différentes questions de l’intégration des données biologiques (haut-débits, multi-technologies, multi-espèces…). Ci-dessous un pré-programme, qui nous espérons vous donnera l’envie de participer à cette journée scientifique. (A télécharger: Programme détailé)

Pour vous inscrire à cette journée nous vous invitons à  remplir le formulaire sur le site de notre partenaire Genouest. L’inscription est gratuite mais obligatoire pour des raisons de logistiques. Date limite des inscriptions le 11 octobre 2010.

Pour tous renseignements complémentaires n’hésitez pas nous contacter.

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Pré-programme

9h30 Acceuil des participants

10h-10h50 Analysis of ChIP-seq data with an application to circadian rhythms. Jacques Rougemont Bioinformatics & Biostatistics Core Facility -EPFL School of Life Sciences – Lausanne

10h50-11H10 Pause café (20 min)

11h10-11h50 Integrative genome-wide analysis: application to the study of glioblastoma. Marie de Tayrac INSERM U946, Fondation Jean Dausset – CEPH, Paris

11h50-12h40 ISA Software Suite: Supporting Standards-Compliant Experimental Annotation and Enabling Curation at the Community Level. Philippe Rocca-Serra Oxford e-Research Centre, University of Oxford, UK


12h30-14h30 Déjeuner (Buffet)

14h30-15h10 MobyleNet: service integration over distributed web portals. Pierre Tufféry Molécules Thérapeutiques in silico (MTi, Université Paris Diderot – Inserm UMR-S 973

15h10-15H40 Pause café (30 min)

15h40-16h20 The Microbiogenomics warehouse: extraction and integration of relevant information from heterogeneous data provided by genomic comparisons. Jean-François Gibrat Unité Mathématique, Informatique et Génome (MIG) INRA, Jouy en Josas

16h20-17h00 GnpIS: an information system for plant breeding. Hadi Quesneville UR1164 URGI Unité de Recherche Génomique-Info INRA, Versailles

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Comité d’organisation :

Rémi Houlgatte, IRTUN, INSERM U915, Nantes, Biogenouest Consortium & BIL Project

Charles Pineau, INSERM, Plate-forme Protéomique Haut Débit, Rennes Biogenouest Consortium

Nolwenn Le Meur, IRISA Symbiose, Université de Rennes, Biogenouest Consortium

Daniel Baron, IRTUN, INSERM U915, Nantes, Biogenouest Consortium

Christine Sinoquet, LINA/UMR CNRS 6241, KOD Team, Université de Nantes, BIL Project

Oliver Roux, ECN/IRCCyN  UMR CNRS 6597, Nantes

 

Mercredi 22 septembre 2010, nous aurons le plaisir de recevoir Alain Zasadzinski, de l’INIST, pour un présentation du projet SIDR. Ce projet a pour objectif de constituer un centre de ressources de dimension internationale qui permettra la diffusion, la valorisation et le partage de ressources, y compris de données quantitatives en biologie intégrative.

Dans un précédent  message nous avions déjà évoqué ce projet SIDR comme un projet pertinent dans notre mission de mise en place d’une infrastructure commune pour les données multi-technologies (mission qui bénéficie du soutien de le plateforme bio-informatique GenOuest) . Si comme nous vous souhaitez en savoir plus, n’hésitez pas à me contacter pour connaître le lieu et l’horaire de cette réunion.

Nolwenn Le Meur

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Les méthodes de visualisation sont des outils devenus essentiels pour l’exploration, l’analyse et l’interprétation des données omics. Mais quelles méthodes, quels outils sont disponibles? Voici une revue qui peut vous être utile:

Gehlenborg N, et al. Visualization of omics data for systems biology. Nat Methods Supp. 2010 Mar;7(30):556.[PMID20195258]

Cette revue fait un inventaire des outils les plus couramment utilisés pour l’analyse des données de transcriptomique, d’interactions protéiques et de métabolomique. Si vous avez l’expérience de l’un ou l’autre de ces outils, n’hésitez pas à nous la faire partager :)

Merci à Nathalie pour cette référence!

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Stages courts en bioinformatique

On juillet 26, 2010, in Formation, by admin

Pour information, le Service de Formation Continue de l’Université de Rennes I, en partenariat avec la plateforme bioinformatique Genouest, propose des stages courts en bioinformatique (ex langages de programmation, approches de modélisation …).

Les offres de formations pour l’année 2010-2011 sont désormais disponibles [stagescourts-infobio_2010]. N’hésitez à contacter le Service de Formation Continue pour plus d’informations ou pour vous inscrire.

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