-GPSy: Un nouveau système de hiérarchisation inter spécifique de gènes.

Les expériences de profilage haut débit basées par exemple sur des puces à ADN ou la protéomique placent potentiellement les gènes au coeur d’un processus biologique donné.
Alors que de nombreuses solutions sont disponibles pour la sélection et le regroupement des gènes, moins d’outils facilitent la tâche ardue mais essentielle de l’identification de loci candidats pour des analyses complémentaires. Nous avons développé GPSy, un nouveau système modulaire de hiérarchisation inter-espèces optimisé pour prédire la fonction des gènes dans les processus développementaux conservés tels que la méiose et la gamétogenèse ou la différenciation sexuelle. Cet outil a été développé par Ramona Britto, Olivier Sallou, Olivier Collin, G. Michaux, Michael Primig et Frédéric Chalmel de l’Inserm U625, Groupe d’Etude de la Reproduction chez l’Homme et les Mammifères, IFR 140; Université de Rennes 1, Campus de Beaulieu, F-35042 Rennes, France

Lien pour l’ utilisation et le support : http://gpsy.genouest.org/index.php/homepage

-dite AMEN… pour Annotation, Mapping, Expression and Network, une suite d’outils pour la génomique intégrative.

Cette suite d’outils est développée par Frédéric Chalmel et Michael Primig de l’Inserm U625, Groupe d’Etude de la Reproduction chez l’Homme et les Mammifères, IFR 140; Université de Rennes 1, Campus de Beaulieu, F-35042 Rennes, France

Lien pour le téléchargement et le support : http://sourceforge.net/projects/amen/

High-throughput genome biological experiments yield large and multifaceted datasets that require flexible and user-friendly analysis tools to facilitate their interpretation by life scientists. Many solutions currently exist, but they are often limited to specific steps in the complex process of data management and analysis and some require extensive informatics skills to be installed and run efficiently.

We developed the Annotation, Mapping, Expression and Network (AMEN) software as a stand-alone, unified suite of tools that enables biological and medical researchers with basic bioinformatics training to manage and explore genome annotation, chromosomal mapping, protein-protein interaction, expression profiling and proteomics data. The current version provides modules for (i) uploading and pre-processing data from microarray expression profiling experiments, (ii) detecting groups of significantly co-expressed genes, and (iii) searching for enrichment of functional annotations within those groups. Moreover, the user interface is designed to simultaneously visualize several types of data such as protein-protein interaction networks in conjunction with expression profiles and cellular co-localization patterns. We have successfully applied the program to interpret expression profiling data from budding yeast, rodents and human.

AMEN is an innovative solution for molecular systems biological data analysis freely available under the GNU license. The program is available via a website at the Sourceforge portal which includes a user guide with concrete examples, links to external databases and helpful comments to implement additional functionalities. We emphasize that AMEN will continue to be developed and maintained by our laboratory because it has proven to be extremely useful for our genome biological research program.

-Tanagra, explorez vos données (Data Mining) gratuitement.

TANAGRA est un logiciel gratuit de DATA MINING destiné à l’enseignement et à la recherche. Il implémente une série de méthodes de fouilles de données issues du domaine de la statistique exploratoire, de l’analyse de données, de l’apprentissage automatique et des bases de données.

TANAGRA est un projet ouvert au sens qu’il est possible à tout chercheur d’accéder au code et d’ajouter ses propres algorithmes pour peu qu’il respecte la licence de distribution du logiciel.

L’objectif principal du projet TANAGRA est d’offrir aux chercheurs et aux étudiants une plate-forme de Data Mining facile d’accès, respectant les standards des logiciels du domaine, notamment en matière d’interface et de mode de fonctionnement, et permettant de mener des études sur des données réelles et/ou synthétiques.

Le second objectif de TANAGRA est de proposer aux chercheurs une architecture leur permettant d’implémenter aisément les techniques qu’ils veulent étudier, de comparer les performances des algorithmes. TANAGRA se comporte plus comme une plate-forme d’expérimentation qui leur permettrait d’aller à l’essentiel en leur épargnant toute la partie ingrate de la programmation de ce type d’outil : la gestion des données.

Le troisième et dernier objectif, en destination des apprentis programmeurs, vise à diffuser une méthodologie possible d’élaboration de ce type de logiciel. L’accès au code leur permettra de voir comment se construit ce type de logiciel, quels sont les écueils à éviter, quelles sont les principales étapes d’un tel projet, et quels sont les outils et les bibliothèques qu’il faut préparer pour le mener à bien. En ce sens, TANAGRA est plus un outil d’apprentissage des techniques de programmation.

TANAGRA n’intègre pas en revanche, à l’heure actuelle, tout ce qui fait la puissance des outils commerciaux du marché : multiplicité des sources de données, accès direct aux entrepôts de données et autres datamarts, appréhension des données à problèmes (valeurs manquantes…), interactivité des traitements, etc…

Tutoriels

Site web Tanagra

-Rattle, Utiliser R pour de l’exploration de données sans connaissance du langage de programmation R.

Comment l’utiliser