-UDDI, les pagesjaunes des services web.

Site web d’Uddi

-BioCatalogue, un catalogue de services web pour les sciences de la vie.

Site web de BioCatalogue

-ENFIN, The European Network For INtegrative systems biology. 

With the aim of bridging the gap existing between standard wet laboratories and bioinformatics, the ENFIN Network runs integrative research projects to bring the latest computational techniques to bear directly on questions dedicated to systems biology in the wet laboratory environment. The European Network of Excellence ENFIN is engaged in developing an adapted infrastructure to connect databases, and platforms to enable both the generation of new bioinformatics tools and the experimental validation of computational predictions. It is funded by the European Commission within its FP6 programme under the thematic area ‘Life sciences, genomics and biotechnology for health’ 20 partners in 13 countries. Information about the ENFIN project is available in http://www.enfin.org

Liens
Publication

Services web ENFIN

-Genepattern, Une plateforme web d’analyse de données génomiques.

GenePattern est une plateforme d’analyse génomique puissante qui permet d’accéder à plus de 150 outils d’analyse d’expression génique, de protéomique, de SNP, de cytométrie de flux, de données de RNA-seq et permet un traitement commun des tâches. Une interface web permet d’accéder facilement à ces outils et permet la création de pipelines d’analyse multi-étapes qui permettent des recherches in silico reproductibles.

Plateforme web GENEPATTERN

-Babelomics 4, gene expression and functionnal profiling analysis suite.

Babelomics est une plateforme d’intégration pour l’analyse de données transcriptomique, protéomique et génomique avec des méthodes avancées de profils fonctionnels. Cette nouvelle version intègre des outils d’analyse primaires (normalisation, appels, etc) et secondaires (signatures, les facteurs prédictifs, les associations, TDTs, clustering, etc) dans un environnement qui permet de mettre en relation différentes données génomiques et / ou leur interprétation via différentes méthodes d’enrichissement fonctionnel ou de regroupement de gènes. Une telle interprétation est faite non seulement en utilisant des définitions fonctionnelles (GO, KEGG, Biocarta, etc) mais aussi d’autres informations de régulation(de Transfac, Jaspar, etc) et d’autres niveaux de régulation tels que les interférences médiées par des miRNA, des interactions protéine-protéine, les modules d’extraction d’information de texte et la possibilité de produire des annotations de novo grâce au système Blast2GO.

Plateforme web Babelomics

-Le projet Kepler.

Le projet de Kepler est dédié à la promotion et au soutien des capacités, de l’utilisation, et de la sensibilisation de Kepler, workflow scientifique opensource et gratuite. Kepler est conçu pour aider les scientifiques, les analystes et programmeurs informatiques dans la création, l’exécution et le partage de modèles et d’analyses sur un large éventail de disciplines scientifiques et d’ingénierie. Kepler peut fonctionner sur des données stockées dans une variété de formats, localement et sur l’internet, et est un environnement efficace pour intégrer des composants logiciels disparates, comme la fusion de scripts R avec du code « C », ou faciliter à distance, l’exécution distribuée des modèles. Pour Utiliser l’interface utilisateur graphique de Kepler, il suffit de sélectionner les utilisateurs, puis connecter de façon pertinente des éléments d’analyse et de sources de données afin de créer un « workflow scientifique », une représentation exécutable des étapes nécessaires pour générer des résultats. Le logiciel aide les utilisateurs à partager et réutiliser leurs données, workflows, et des composants développés par la communauté scientifique pour répondre aux besoins communs.

Kepler website

-Taverna, intégrer des webservices et créer / sauver vos propres workflows!

Site web Taverna

-Bioinformatics Support Service – Software Items : détails des services proposés dans différents packages (EMBOSS, HMMER, Lagan, Mavid, Meme Mast, MSPBlixem, MUMmer, NCBI BLAST, NCBI Toolkit, PHYLIP).

Site internet BSS

 

-Comment générer un script Perl qui permet l’utilisation d’un pipeline relié à NCBI? Essayez Ebot!