Aujourd’hui, les chercheurs peuvent utiliser une combinaison de  technologies pour étudier un même matériel biologique . Ils sont donc amenés à interagir avec différentes plateformes technologiques et à manipuler différents types de données (le plus souvent en grand nombre). L’outil informatique est donc indispensable pour faciliter la gestion et l’échange des données entre plateformes. Dans le cadre du projet Biologie Intégrative, nous faisons un inventaire des outils et projets existants pouvant répondre à nos besoins.

Projet isa.infrastructure (Science 9 October 2009: Vol. 326. no. 5950, pp. 234 – 236)

Nous étudions actuellement l’utilisation de isa.infrastucture.  Il s’agit du projet collaboratif, international. Le logiciel développé est gratuit et vise à:

  • Aider à  la gestion locale des méta-données expérimentales (caractéristiques de l’échantillon à savoir, les technologies utilisées, le type de mesures) à partir d’études employant un ou une combinaison de technologies; Contribuer à l’établissement de rapports
  • Faciliter l’adoption des ontologies, vocabulaires contrôlés  définies par la communauté internationale;
  • Faciliter le dépôts des données expérimentales dans les bases de données  publique de génomique, transcriptomique et protéomique.

 

Projet SIDR

Adoptant le format ISA tab et répondant à d’autres objectifs de standardisation, SIDR (site internet) proposera dès l’automne 2011 un repository pour stocker les données et métadonnées en sciences. Si vous voulez en savoir un peu plus, je vous invite à visiter la page dédiée à SIDR, soutenu par le projet biologie intégrative. Afin de guider les utilisateurs dans la description de leurs métadonnées, un récupérateur d’ontologies est mis à disposition : Ontologies traveller.