Outils

On février 5, 2010, in Information projet, Outils, by admin

Nous réfléchissons à constituer un catalogue d’outils et de méthodes (protocoles, scénari d’analyses) utiles à l’intégration des données.

Ceci n’est ni un forum, ni un questionnaire. C’est un espace d’échange et de partage. Le but est de faire découvrir vos articles et/ou outils logiciels de références.  C’est aussi peut être l’occasion d’exprimer vos besoins.

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Des exemples de réussites en matière d’intégration de données et les méthodes utilisées pour y parvenir vous intéressent?

Voici quelques références récentes:

Joyce and Palsson. The model organism as a system: integrating ‘omics’ data sets. Nat Rev Mol Cell Biol (2006) vol. 7 (3) pp. 198-210 [pubmed]

Dans cet article Joyce et Palsson présentent quelques unes des banques de données de références pour les données *omics et soulignent quelques alogrithmes et logicels pour l’intégration numérique des données. Connaissez-vous ces outils les avez vous testez?

Enfin ils listent quelques exemples de réussite en intégration de données:

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Hecker et al. Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. BioSystems (2009) vol. 96 (1) pp. 86-103 [pubmed]

Dans cet article de revue, Hecker et al. soulignent l’importance de la qualité des données biologiques  pour la reconstruction de réseaux génétiques. Ils présentent également les principales architecture de modèles (différentiels, booleens, bayesiens…). La table 2 de l’article présente un résumé de quelques approches publiées:

Est que de telles approches vous intéressent?

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Durot et al. Genome-scale models of bacterial metabolism: reconstruction and applications. FEMS Microbiol Rev (2009) vol. 33 (1) pp. 164-90 [pubmed]

Dans cette revue Durot et al. introduisent les concepts clés de la modélisation du métabolisme bactérien, les méthodes et  ressources qui permettront de reconstituer et ajuster les modèles, et les applications graphiques pour l’étude des propriétés globales des systèmes métaboliques, l’interprétation des résultats expérimentaux, et prédire de nouvelles leurs propriétés biochimiques.

Gilbert et al. Computational methodologies for modelling, analysis and simulation of signalling networks. Brief Bioinformatics (2006) vol. 7 (4) pp. 339-53 [pubmed]

Dans cet article de revue, Gilbert et al. résument certaines des approches possibles pour la modélisation des réseaux de signalisations soulignant la complexité du niveau de modélisation.

Rencontrez vous les mêmes problématiques?

Castrillo et al. Growth control of the eukaryote cell: a systems biology study in yeast. J Biol (2007) vol. 6 (2) pp. 4 [pubmed]

Dans cet  article Castrillo et al. étudient  le contrôle de la croissance chez Saccharomyces cerevisiaeau niveau systémique. Ils présentent une démarche pour intégrer des données issues d’expériences de transcriptomique, de protéomique et de métabolomique.Ils introduisent la notion intéressante de contrôle de l’efficacité de traduction entre transcripts et protéines.

Est-ce que vous trouvez leur démarche intéressante? Connaissez vous approches similaires, complémentaires?

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Connaissez-vous Biostar ?

Il sagit d’un site social/collaboratif  pour des questions en bioinformatique.
Pour  exemple nous pouvons trouver des réponses sur:

* How do I access and query entire genome sequences with R
* How to retrieve the DNA sequence from a list of EMBL and GeneID?
* What  tools/libraries do you use to visualize genomic feature data?
* Is it possible for two different Affymetrix probe set ID to have common annotations to same gene ?

Pour poser vos questions ou chercher des réponses c’est ici: http://biostar.stackexchange.com/

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Nous vous laissons la parole ! N’hésitez pas à nous faire partager vos connaissances !

 

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